Việc thi hành có ý nghĩa quan trọng trên thực tế đối với Hiệp định TRIPS nằm ở các quy định về thực thi, theo đó hàng loạt các chế tài về thực thi được quy định cho các chủ thể quyền sở hữu trí tuệ. Các Điều từ 41 đến 50 yêu cầu các thành viên WTO quy định đầy đủ các thủ tục và chế tài thực thi dân sự. Các Điều từ 51 đến 60 buộc các thành viên WTO quy định các thủ tục kiểm soát biên giới cho phép áp dụng các thủ tục hải quan để ngăn chặn việc nhập khẩu hàng hoá giả mạo nhãn hiệu và hàng sao chép lậu. Các công ước quốc tế về sở hữu trí tuệ trước đây không quan tâm đến vấn đề thực thi dân sự. Giờ đây, các chủ thể quyền có thể đòi hỏi các nước quy định các thủ tục để họ có thể thực thi quyền của mình.