Chủ thể của thủ tục hành chính gồm: các cơ quan nhà nước (cơ quan quyền lực nhà nước, cơ quan hành chính nhà nước, Tòa án, Viện kiểm sát), các tổ chức xã hội, tổ chức kinh tế, đơn vị vũ trang và cá nhân.

Chủ thể của thủ tục hành chính được chia thành hai loại:

• Chủ thể tiến hành thủ tục hành chính là những chủ thể có quyền nhân danh nhà nước để thực hiện các thủ tục hành chính nhằm giải quyết những công việc thuộc nhiệm vụ, quyền hạn cả mình theo quy định của Hiến pháp, pháp luật. Đây là loại chủ thể bắt buộc trong quan hệ thủ tục hành chính. Chủ thể tiến hành thủ tục hành chính bao gồm: cơ quan nhà nước; cán bộ, công chức và các tổ chức xã hội, cá nhân được nhà nước trao quyền thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước.
• Chủ thể tham gia thủ tục hành chính là những chủ thể nhân danh chính mình để tham gia vào các thủ tục hành chính, nhằm thực hiện quyền và nghĩa vụ trong quản lý nhà nước do pháp luật quy định. Chủ thể tham gia thủ tục hành chính gồm: các cá nhân (công dân, người nước ngoài, người không quốc tịch), các cơ quan nhà nước và tổ chức khác khi không thực hiện chức năng quản lý nhà nước.

Trong quan hệ thủ tục hành chính, đôi bên chủ thể tiến hành thủ tục và chủ thể tham gia thủ tục có những quyền và nghĩa vụ nhất định đối với nhau theo quy định của pháp luật hành chính.