Về trình tự hành chính và các biện pháp chế tài hành chính, Luật Sở hữu trí tuệ quy định cụ thể về xử lý vi phạm hành chính, đặc biệt là các hành vi xâm phạm bị xử lý, trong đó xác định rõ các hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ thuộc loại nào thì bị xử lý bằng biện pháp hành chính, biện pháp hình sự. Các hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ bị xử phạt hành chính bao gồm hành vi thực hiện hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ gây thiệt hại cho người tiêu dùng hoặc cho xã hội; không chấm dứt hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ mặc dù đã được chủ thể quyền sở hữu trí tuệ thông báo bằng văn bản yêu cầu chấm dứt hành vi đó; sản xuất, nhập khẩu, vận chuyển, buôn bán hàng hóa giả mạo về sở hữu trí tuệ hoặc giao cho người khác thực hiện hành vi này; sản xuất, nhập khẩu, vận chuyển, buôn bán vật mang nhãn hiệu hoặc chỉ dẫn địa lý trùng hoặc tương tự đến mức gây nhầm lẫn với nhãn hiệu, chỉ dẫn địa lý được bảo hộ hoặc giao cho người khác thực hiện hành vi này. Các hành vi cạnh tranh không lành mạnh có thể bị xử lý về hành chính theo quy định của Luật Cạnh tranh, hoặc bị xử lý về dân sự theo quy định của Luật Sở hữu trí tuệ.

Về các biện pháp xử phạt vi phạm hành chính và các biện pháp ngăn chặn hành chính, Luật Sở hữu trí tuệ quy định tổ chức, cá nhân thực hiện hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ bị buộc phải chấm dứt hành vi xâm phạm và bị áp dụng một trong các hình thức xử phạt chính gồm cảnh cáo; phạt tiền, và tùy theo tính chất, mức độ xâm phạm còn có thể bị áp dụng một hoặc các hình thức xử phạt bổ sung gồm tịch thu hàng hóa giả mạo về sở hữu trí tuệ, nguyên liệu, vật liệu, phương tiện được sử dụng chủ yếu để sản xuất, kinh doanh hàng hóa giả mạo về sở hữu trí tuệ; đình chỉ có thời hạn hoạt động kinh doanh trong lĩnh vực đã xảy ra vi phạm; ngoài ra, tổ chức, cá nhân xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ còn có thể bị áp dụng các biện pháp khắc phục hậu quả.

Nhằm phát huy tác dụng răn đe và trừng phạt đối với những người có hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ bị xử phạt hành chính, Luật Sở hữu trí tuệ quy định nâng mức tiền phạt so với trước đây, theo đó mức tiền phạt cần được ấn định ít nhất bằng giá trị hàng hóa vi phạm đã phát hiện được và nhiều nhất không vượt quá năm lần giá trị hàng hóa vi phạm đã phát hiện được.

Liên quan tới các biện pháp kiểm soát về sở hữu trí tuệ đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, về cơ bản Luật Sở hữu trí tuệ kế thừa các quy định pháp luật trước đây, trong đó quy định cụ thể các biện pháp kiểm soát về sở hữu trí tuệ đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu cũng như trong thị trường nội địa theo hướng xác định rõ nội dung biện pháp, điều kiện và trình tự thực hiện biện pháp.

Đặc biệt là, Luật Sở hữu trí tuệ đã bổ sung quy định trong trường hợp người yêu cầu tạm dừng làm thủ tục hải quan có lý do chính đáng thì thời hạn tạm dừng có thể kéo dài, nhưng không được quá 20 ngày, với điều kiện người yêu cầu tạm dừng thủ tục hải quan phải nộp thêm khoản bảo đảm theo quy định. Quy định này là cần thiết nhằm bảo vệ quyền lợi chính đáng của chủ lô hàng bị tạm dừng làm thủ tục hải quan trong trường hợp người có quyền yêu cầu kéo dài thời hạn tạm dừng thủ tục hải quan không có căn cứ xác đáng. Đồng thời, Luật Sở hữu trí tuệ cũng quy định mang tính nguyên tắc về việc kiểm tra, giám sát để phát hiện hàng hoá có dấu hiệu xâm phạm, theo đó khi phát hiện lô hàng có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ, cơ quan hải quan thông báo ngay cho người yêu cầu kiểm tra, giám sát. Trong thời hạn 3 ngày làm việc tính từ ngày được thông báo, nếu người yêu cầu kiểm tra, giám sát không có yêu cầu tạm dừng làm thủ tục hải quan và cơ quan hải quan không quyết định xem xét việc áp dụng biện pháp xử lý hành chính đối với người xuất khẩu, nhập khẩu lô hàng thì cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp tục làm thủ tục hải quan cho lô hàng đó. Quy định này là cần thiết nhằm tránh sự lạm dụng thủ tục của người yêu cầu kiểm tra, giám sát và phù hợp với tập quán quốc tế.

Ngoài ra, Luật sở hữu trí tuệ quy định trong trường hợp cá nhân thực hiện hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ có yếu tố cấu thành tội phạm thì truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật hình sự.