Bên cạnh các quy định về nội dung, TRIPS cũng có quy định về các biện pháp nhằm đảm bảo cho việc thực thi quyền sở hữu trí tuệ tại lãnh thổ của các quốc gia thành viên. Mục đích của việc đưa ra các quy định này trong TRIPS nhằm ngăn chặn một cách hiệu quả việc xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ.

Những biện pháp bảo đảm này bao gồm: các biện pháp khẩn cấp tạm thời; các chế tài dân sự, hình sự và hành chính nhằm ngăn ngừa xâm phạm; các biện pháp tại biên giới. Việc áp dụng các biện pháp này cần phải thực hiện với các điều kiện chung như: Việc áp dụng các thủ tục thực thi quyền không được cản trở hoạt động thương mại và phải có biện pháp để ngăn chặn sự lạm quyền. Các thủ tục thực thi phải đúng đắn, công bằng, không quá phức tạp, tốn kém và không có những giới hạn bất hợp lý về thời gian hoặc có sự chậm trễ không chính đáng.

Các quyết định giải quyết vụ việc theo thủ tục tố tụng dân sự, hành chính phải bảo đảm các điều kiện như: Bằng văn bản, nêu rõ lý do ra quyết định; sẵn sàng được cung cấp, ít nhất là cho các bên trong vụ kiện; Chỉ dựa trên chứng cứ mà các bên đã có cơ hội trình bày. Bảo đảm cho các bên trong vụ kiện có cơ hội đề nghị cơ quan tư pháp xem xét lại các quyết định hành chính cuối cùng và xem xét lại các quyết định xét xử ở cấp sơ thẩm.

Bên cạnh những yêu cầu chung này, đối với từng biện pháp thực thi quyền sở hữu trí tuệ, TRIPS cũng đã có quy định cụ thể với những nội dung chính là:

Các yêu cầu về thủ tục và chế tài về tố tụng dân sự, hành chính. Đối với yêu cầu này TRIPS đưa ra những điều kiện tối thiểu mà pháp luật của mỗi nước phải quy định đảm bảo cho bị đơn có quyền được thông báo kịp thời, đầy đủ về các chi tiết, cơ sở khiếu kiện bằng văn bản; Các bên trong vụ kiện đều có quyền có luật sư đại diện; Trong thủ tục thực thi không được áp đặt yêu cầu quá mức về việc buộc đương sự phải có mặt; Các bên trong vụ kiện có quyền chứng minh yêu cầu của mình và đưa ra chứng cứ; Trong thủ tục thực thi phải có biện pháp để xác định, bảo vệ thông tin bí mật.

Bên cạnh đó, Hiệp định cũng yêu cầu pháp luật của mỗi quốc gia phải quy định trong pháp luật để có thể cho phép cơ quan tư pháp của mình có quyền: yêu cầu các bên trong vụ kiện buộc một bên trong vụ kiện đưa ra chứng cứ và tuân theo các điều kiện bảo vệ thông tin bí mật; căn cứ vào chứng cứ đã được đưa ra đưa ra kết luận sơ bộ và cuối cùng nhằm khẳng định hoặc phủ định yêu cầu của các bên; buộc một bên chấm dứt hành vi xâm phạm, áp dụng các biện pháp ngăn ngừa việc nhập khẩu hàng hoá xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ, ngay sau khi đã hoàn thành thủ tục hải quan; buộc người có hành vi xâm phạm phải bồi thường thoả đáng cho người có quyền kể cả những lợi nhuận thu được từ hành vi xâm phạm, cả chi phí hợp lý thuê luật sư và cả việc áp dụng hình thức bồi thường theo mức ấn định trước đối với các đối tượng được bảo hộ theo quy định về quyền tác giả và quyền liên quan; cơ quan tư pháp cũng được phép áp dụng các biện pháp cưỡng chế phải bồi thường thoả đáng thiệt hại gây ra cho bên bị thiệt hại và phải trả các chi phí, bao gồm cả chi phí hợp lý để thuê luật sư.

Các cơ quan tư pháp cũng phải được ra lệnh: Xử lý ngoài kênh thương mại các hàng hoá mà cơ quan đó cho là xâm phạm; Xử lý ngoài kênh thương mại các nguyên liệu, phương tiện có công dụng tạo ra hàng hoá xâm phạm. Khi ban hành các lệnh trên, cơ quan tư pháp phải tính đến tỷ lệ tương xứng giữa mức độ nghiêm trọng của hành vi xâm phạm, các biện pháp chế tài áp dụng và lợi ích của những người khác. Đối với hàng giả mạo nhãn hiệu, thì không cho phép đưa vào kênh thương mại, mặc dù đã loại bỏ nhãn hiệu hàng hoá gắn bất hợp pháp, trừ các trường hợp ngoại lệ.

Cam kết về việc áp dụng các biện pháp khẩn cấp tạm thời để đảm bảo cho các cơ quan tư pháp có đủ các điều kiện cần thiết nhằm thực thi một cách hữu hiệu việc bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, TRIPS yêu cầu các bên phải cho phép cơ quan tư pháp của mình được ban hành lệnh áp dụng các biện pháp tạm thời nhằm ngăn chặn hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ và bảo vệ các chứng cứ liên quan đến hành vi xâm phạm.

Khi quyết định áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời cơ quan tư pháp có quyền: Buộc người nộp đơn yêu cầu áp dụng các biện pháp khẩn cấp tạm thời phải cung cấp các chứng cứ cần thiết liên quan đến việc áp dụng các biện pháp khẩn cấp tạm thời và phải nộp một khoản bảo chứng hoặc khoản bảo đảm tương đương, đủ để bảo vệ lợi ích của bị đơn và ngăn ngừa sự lạm dụng quyền yêu cầu. Việc áp dụng các biện pháp khẩn cấp tạm thời phải được thông báo cho bị đơn và phải được rút lại nếu thủ tục giải quyết vụ việc không được bắt đầu trong một thời hạn hợp lý theo quy định của pháp luật.

Cam kết về việc thực thi quyền sở hữu trí tuệ tại biên giới, TRIPS quy định cho phép người có quyền nộp đơn đến cơ quan hành chính hoặc cơ quan tư pháp có thẩm quyền yêu cầu cơ quan hải quan đình chỉ việc thông quan đưa hàng hoá vi phạm vào lưu thông tự do, nếu có cơ sở chứng minh có hoạt động nhập khẩu hàng giả mạo nhãn hiệu hàng hoá hoặc bản sao trái phép các tác phẩm được bảo hộ. Trong TRIPS, các quyền và nghĩa vụ của các bên trong tranh chấp cũng như cơ quan Nhà nước có thẩm quyền và cơ quan hải quan cũng đã được quy rất cụ thể.

Cam kết về các thủ tục tố tụng hình sự và hình phạt, bên cạnh các chế tài về dân sự và hành chính, TRIPS cũng có quy định yêu cầu các bên cần có chế tài về hình sự trong việc bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ. Như vậy, với việc TRIPS là một Hiệp định có phạm vi điều chỉnh rộng trong số các điều ước quốc tế đa phương về sở hữu trí tuệ đã cho thấy rõ tính phức tạp của lĩnh vực sở hữu trí tuệ trong WTO. Đồng thời, các quy định trong TRIPS đã có sự kế thừa các điều ước quốc tế đa phương về sở hữu trí tuệ bằng cách dẫn chiếu trực tiếp hoặc trích dẫn các quy định của những điều ước quốc tế này. Một điểm khác biệt chính giữa TRIPS và các điều ước quốc tế đa phương về sở hữu trí tuệ là các quy định về sở hữu trí tuệ trong TRIPS chỉ điều chỉnh những quan hệ có tính chất thương mại trong lĩnh vực quyền sở hữu trí tuệ.